Das Wasser des Malawisees weist einen hohen ph-Wert von etwa 7,6 bis 8,3 auf und ist mit einer elektrischen Leitfähigkeit von 210 bis 335 Mikrosiemens/Zentimeter relativ mineralienarm. Die Gesamthärte des Wasser im See beträgt etwa 4 bis 6 Grad Deutsche Härte. Die Karbonathärte mit 6 bis 8 liegt recht hoch und das ist der auch der Grund für diesen relativ hohen pH-Wert. Ein hoher Anteil an gelöstem Natriumhydrogenkarbonat ist dafür verantwortlich das die Karbonathärte über der der Gesamthärte liegt.