Die Buntbarsche des Malawisees gehören taxonomisch-systemisch betrachtet zu den zwei Stämmen Haplochromini und Tilapiini. Zu den Haplochrominen zählen über 90% der Cichliden im See. Zu den Tilapien sind nur wenige Oreochromis-Arten zu rechnen sowie Tilapia rendalli, der einzige Nicht-Maulbrüter des Sees. Haplochrominen Cichliden lassen sich aufteilen in Felsenbuntbarsche(Mbuna-Gruppe) und Nicht-Felsenbuntbarsche(Non-Mbuna), wobei in der letzten Gruppe die Gattungen Astatotilapia eine Sondereinstellung einnimmt und deshalb als dritte Gruppe gesehen wird. Die oben Beschriebene Aufteilung orientiert sich überwiegend an einigen morphologischen Kriterien.
Eine leichtere Aufgliederung lässt sich aufstellen wenn man die Verbreitung der Gattungen einbezieht. Man muss dabei beachten das nicht alle Arten oder nahe Verwandte auch in anderen Gewässern oder auch Flüssen in Afrika vorkommen. Diese Flussbewohner dürften keinen Ursprung im Malawisee haben, sie haben diesen wohl erst nachträglich besiedelt. Dagegen stehen die eigentlichen Buntbarsche des Malawisees, die nicht ausserhalb des Sees vorkommen. Es ist davon auszugehen das diese vielen Arten nur von einer oder wenigen Stammarten sich im See endwickelt haben.